El 19 de octubre de 2000, la congresista de Somos Perú, Anel Townsend, presentó una iniciativa legislativa que propuso la creación de una Comisión de la Verdad (CVR) para que en el plazo de un año, investigara las violaciones de los derechos humanos y el derecho internacional humanitario cometidos desde 1980 hasta ese momento. En su proyecto propuso al Defensor del Pueblo como presidente, acompañado por un representante de la Conferencia Episcopal Peruana y otro de la ONU.

Posteriormente, ante la renuncia desde Japón del presidente Alberto Fujimori, el Presidente del Congreso Dr. Valentín Paniagua Corazao, asumió el 22 de noviembre de 2000, la presidencia y se instaló un Gobierno Transitorio.

El tema de la CVR venía siendo tratado en la “Mesa de Diálogo y Concertación para el Fortalecimiento de la Democracia en el Perú”, auspiciada por la OEA, donde Sofía Macher,

Secretaria Ejecutiva de la Coordinadora de Derechos Humanos, era una de sus integrantes.

Ella declaró al diario la República el 27 de noviembre: “Se puede terminar de diseñar lo que debería ser la Comisión de la Verdad, dentro del proceso de reconciliación, el ministro García Sayán es una garantía para que este gobierno de transición empiece este proceso”. En diciembre de 2000, a propuesta del Ministro de Justicia, Dr. Diego García Sayán, se conformó un Grupo de Trabajo Interinstitucional, encargado de elaborar propuestas legislativas y administrativas necesarias para el establecimiento de una CVR y de proponer, asimismo, sus alcances, objetivos y organización, así como otras medidas que se consideren apropiadas.

Episcopal Peruana; y, el Concilio Nacional Evangélico del Perú. El Gobierno Transitorio, designó en junio 2001, a siete personas para conformar la CVR: Dr. Salomón Lerner Febres, presidente; Dra. Beatriz Alva, Dr. Enrique Bernales, Dr. Carlos Iván Degregori, Padre Gastón Garatea, Ing. Alberto Morote Sánchez, Ing. Carlos Tapia.

Posteriormente en el Gobierno del Dr. Alejandro Toledo Manrique, siendo Ministro de RREE el Dr. Diego García Sayán, se amplió la conformación con cinco miembros más y un observador: Monseñor José Antúnez de Mayolo, Señora Sofía Macher. T.G. FAP Luis Arias Graziani, Señor Rolando Ames. Pastor Humberto Lay Sun. En calidad de observador a Mons. Luis Bambarén y Secretario Ejecutivo Dr. Javier Ciurlizza.

Como se aprecia, la creación y conformación de la CVR sucedió, durante los gobiernos de Valentín Paniagua y Alejandro Toledo, ambos miembros de la Mesa de Concertación de la OEA, al igual que: Diego García Sayán, Sofía Macher y Luis Bambarén. Excepto tres religiosos católicos, uno evangélico y un oficial en retiro de las Fuerzas Armadas que era asesor del presidente Toledo, siete de nueve integrantes estaban inscritos en partidos políticos marxistas, tenían profesiones afines y estudiaron en la universidad Católica del Perú Católica del Perú (su rector Lerner, Ames, Bernales Degregori, Morote, Ciurlizza), San Marcos (Ames, Degregori, Macher) y/o San Cristóbal de Huamanga (Degregori, Morote, Tapia)

El Centro Internacional de Derecho Transicional (ICTJ), entidad internacional con sede en Nueva York, fue la que proporcionó el conocimiento y experiencia para que la CVR pudiera desarrollar de manera integral su labor, comenzó a trabajar con actores locales en el Perú a inicios de 2001, cuando aún no se había emitido el dispositivo legal de creación de la CVR. La Asociada Principal Lisa Magarrell, dirigió el programa de Perú en el ICTJ desde agosto de 2001. Luego de aportar observaciones preliminares sobre los términos de referencia de lo que se convertiría en el mandato de la Comisión, el ICTJ, siguió brindando apoyo y asesoría técnica a la CVR en la medida en que ésta se formaba y comenzaba a funcionar, con actores locales tales como la Asociación Pro Derechos Humanos (APRODEH).

Entre agosto de 2001 y el cierre del trabajo de la Comisión en 2003, más de una docena de consultores con experiencia en otros países, aportaron a la CVR y a las ONGs experiencias sobre temas tales como el diseño de una base de datos, metodología de la investigación, derecho penal internacional, derecho de los derechos humanos, derecho humanitario, práctica de audiencias públicas y políticas de reparación, así como el plan de reparaciones

Previo a la entrega oficial del Informe al presidente Toledo, que fue el 28 agosto 2003, el ICTJ acogió en Nueva York a una delegación de la CVR y presentó una exhibición de fotografías, facilitó un foro público, así como reuniones con funcionarios de la ONU, de ONGs y otros para discutir el documento y generar apoyo para el proceso post-CVR. Es obvio que el Informe de la CVR configura una interpretación parcial de carácter político, social, y cultural de la violencia terrorista y de la violación a los derechos humanos producidos en el Perú desde mayo de 1980 hasta noviembre de 2000, causado por la agresión de los grupos terroristas.

No se incluyó el análisis de los graves daños en la economía causados por los delincuentes a la frágil y debilitada situación de la sociedad peruana, a su infraestructura pública y privada y los traumatizantes efectos en la vida de la población. El Informe Final muestra evidentes fallas de origen, producto del estigma por la falta de pluralidad de los comisionados y funcionarios de la CVR, quienes impregnaron a lo largo del contenido del documento una línea vil y aberrante al tratar de justificar el uso de la fuerza por parte de los terroristas poniéndola al mismo nivel del derecho natural reconocido universalmente a todo Estado del uso legal de la armas para defenderse, con ello tendenciosamente buscaban “demostrar” que hubo por parte de las Fuerzas del Orden, prácticas generalizadas y/o sistemáticas de violaciones de los derechos humanos, que constituían crímenes de lesa humanidad y transgresiones al Derecho Internacional Humanitario.

Lo anterior provocó que el comisionado Arias Graziani firmara con observaciones el Informe, tanto por dicho motivo como por el desproporcionado número de víctimas fatales considerado (69,280), esto último también originó serias discrepancias por parte del Ministerio Público expresado en el informe presentado por una comisión presidida por un funcionario propio que había trabajado en la CVR, en éste se indicaba no se tenía asidero técnico sustentable en la cantidad considerada al haberse utilizado un método inadecuado que “implica sumar” toda las víctimas que han sido reportadas en una o más instituciones, con aquellas que nunca fueron reportadas ante institución alguna. El método que aplico la CVR, indicó tenía un grado de error superior al 191%. Adicionalmente, Amnistía Internacional Perú, en su informe La CVR– un primer paso hacia un País sin injusticias, AMR 46/003/2004, consideró 23.969 casos de personas fallecidas y «desaparecidas» como reportados a la CVR.